Obecny kościół jest prawdopodobnie już trzecim kościołem w parafii komornickiej. Należy przypuszczać, że Komorniki i Łowkowice otrzymały go krótko po przekazaniu ich przez Mieszka w 1245 roku cystersom.
Fakt tego przekazu został zatwierdzony przez księcia Władysława w 1274 roku, który jednocześnie nadał tym wsiom prawa niemieckie. W zwyczaju wówczas było, że większość osad zakładanych na prawie niemieckim otrzymywała jednocześnie swoje kościoły. Jednak pierwsza udokumentowana wzmianka o kościele pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny w Komornikach pochodzi dopiero z 1494 roku. Wówczas jego proboszczem był Symonn Walter.

Wydaje się dziwne, że we wcześniejszych wykazach parafii z tego terenu nie ma wzmianki o kościele w Komornikach. W rejestrze o Świętopietrzu nuncjusza Galhardusa z 1335 roku i w zestawieniu parafii z 1376 roku w obrębie archiprezbiteriału glogóweckiego wymienia się kościół "de Lencewicz". Należy przypuszczać, że pierwszy kościół znajdował się nie w Komornikach, lecz w Łowkowicach.
Do dzisiaj, szczególnie wśród mieszkańców Łowkowic, żywy jest przekaz, że ich wioska posiadała swój własny kościół. Wspomina się go także w dokumentach dotyczących 1447 roku. Jest tam mowa o drewnianym kościele, który uległ zniszczeniu. Na temat budowy nowego kościoła, który pierwotnie zamierzano wybudować w Łowkowicach, w tym samym miejscu, gdzie wznosił się stary, do dziś w parafii istnieje żywa legenda : "Aby zabezpieczyć się przed pożarem, który zniszczył stary kościół, postanowiono zbudować nowy murowany. Na miejscu budowy zaczęto gromadzić potrzebny materiał. Jednak na krótko przed przystąpieniem do robót, aniołowie mieli przenieść zgromadzony budulec do Komornik na skraj wysokiej skarpy przy dolinie Osobłogi, gdzie wznosi się obecny kościół. Odczytano to jako znak boży i nowy kościół powstał w Komornikach ". Legendę tę upamiętnia niewielka kapliczka, wzniesiona w Łowkowicach na skrzyżowaniu dróg z Dobrej do Pisarzowic i z Łowkowic do Strzeleczek (obecnie droga polna) - ponoć w tym właśnie miejscu jednemu z aniołów miał spaść kamień przeznaczony na budowę Domu Bożego.

Nowy kościół budowano więc w II połowie XV w. , w okresie szczególnego nasilenia budownictwa murowanych kościołów na Śląsku. Dokument z 1550 roku podaje, że kościół w Komornikach jest konsekrowany, co upamiętniają krzyże wymalowane na jego ścianach. Rocznicę konsekracji kościoła obchodzono w niedzielę po święcie apostołów Szymona i Judy przypadającym 28 października. W parafii świętowano też dwa odpusty : ku czci Nawiedzenia N.M.P. i ku czci Znalezienia Św.Krzyża, który obchodzono od niepamiętnych czasów. Być może był to odpust kościoła łowkowickiego. Parafia należała w tym czasie do archiprezbiteriatu głogóweckiego. Prawo patronatu nad parafią i kościołem należało do opata cystersów klasztoru lubiąskiego i było sprawowane przez prepozyta kazimierskiego. Choć w ważniejszych sprawach, np. przy obsadzie urzędu proboszczowskiego, zwracano się bezpośrednio do Lubiąża. Po sekularyzacji zakonów w 1810 roku patronat przejął Urząd Finansowy (fiskus) rządu królewskiego.
W latach 60-tych gruntownie przebudowano kościół. Prace ukończono w 1674 roku, a sfinansowali je von Holy - właściciel dominium ściborowickiego, prepozyt kazimierski - reprezentujący patrona oraz parafianie.
Protokoły wizytacyjne pochodzące z lat 1679 i 1688 podają nam pełną charakterystykę kościoła oraz jego inwentarz.

Kościół w Komornikach znajdował się na górze i był zbudowany z cegły i kamienia. Był jednonawowy, zorientowany, miał kształt prostokąta o wymiarach 34 łokci długości oraz 12 łokci szerokości, podłogę drewnianą, a sklepienie malowane. Murowana zakrystia po stronie ewangelii, sklepiona, miała żelazne drzwi. Kościół posiadał dwoje dębowych drzwi i cztery okna. Wokół znajdował się mały cmentarz. Przy kościele stały dwie drabiny przeciwpożarowe. Murowana dzwonnica posiadała 2 dzwony i jeden mały znajdujący się w niewielkiej wieżyczce nad kościołem. Dachy na wieży były nienaruszone.

W kościele znajdowały się 3 ołtarze: ołtarz główny nowo-wybudowany w 1655 roku konsekrowany, z murowanym stołem. Nadstawa była drewniana, rzeźbiona, malowana i ozdobiona złoceniami. Znajdowało się w niej tabernakulum również malowane, wewnątrz obite jedwabnym materiałem wyszywanym złotem, nad którym umieszczono obraz "Nawiedzenia Elżbiety przez Maryję ". Ołtarz otoczony był drewnianą złoconą balustradą. (Ufundował go prepozyt z Kazimierza i parafianin von Holy).
Dwa boczne ołtarze znajdowały się poza prezbiterium, w nawie. Były to : jeden po stronie ewangelii, a więc po północnej stronie kościoła poświęcony Trójcy Św.. Zbudowany w 1655 roku, jego fundatorem był również von Holy; drugi znajdował się w nawie po stronie południowej, a w jego drewnianej nadbudowie widniał obraz przedstawiający znalezienie Krzyża Świętego przez św.Helenę. Oba te ołtarze otoczone były drewnianymi balustradami.
Ambona ozdobiona łukami znajdowała się po stronie lekcji. Chrzcielnica drewniana, malowana a w niej cynowa czara z wodą chrzcielną. Konfesjonał znajdował się po stronie ewangelii, blisko zakrystii. Ławki były dobrze uporządkowane.
W kościele mieściła się również krypta grobowa von Holyego (nie katolika) i jego rodziny. Znajdowała się ona w nawie po północnej stronie kościoła pod ławkami. Obok niej na ścianie wisiała kamienna płyta z tekstem fundacji założonej przez Jana Holyego i prośbą modlitewną w jego intencji. Oprócz Holych w krypcie pogrzebano też właścicielkę Ściborowic z późniejszych czasów - hrabinę von Schönburg.
W czasie wizytacji w 1679 roku wizytator stwierdził, że kościół komornicki został zbeszczeszczany szczątkami heretyków. Prawdopodobnie chodziło o kryptę grobową protestanckiej rodziny von Holy. Kościół komornicki im wiele zawdzięczał, dlatego proboszczowie godzili się na to, by grzebać ich w kościele, gdyż byli oni jego dobroczyńcami. Na skutek zaistniałych wydarzeń postarano się jednak o zgodę biskupa wrocławskiego na pozostawienie krypty członkom rodziny Holy (krypta istniała od 1655 roku). Zgody takiej udzielił im wikariusz biskupi Karl Neander 15 III 1686 roku:

"My, najjaśniejszego i najprzewielebniejszego księcia i pana, Franciszka Ludwika, biskupa wrocławskiego, księcia Palatynatu, Renu, Bawarii, Kliwii, Julii i Mantu, etc... a także na oba Śląski namiestnika cesarskiego, w duchownych sprawach Administrator, z pisma dowiedzieliśmy się, że szlachetny pan Jan Holy de Ponientitz na Ściborowicach etc...prosi pokornie o możliwość zbudowania krypty w kościele komornickim, dla siebie i swoich pochówku. My zaś, biorąc pod uwagę jego prośbę, przychylamy się, jako że w różnych sprawach, chociaż nie katolik, temu kościołowi przyszedł z pomocą jako wybitny dobrodziej. I dlatego niżej wymienionemu Janowi Holy pozwolenia udzielamy i dajemy, ażeby w wyżej wymienionym kościele komornickim kryptę dla siebie i swoich pochówku zbudował, jednak w oddaleniu od wielkiego ołtarza. Dla pełniejszej wiarygodności tego aktu, ręką naszą podpisanego, pieczęć Administracji naszej zwykłą kazaliśmy przyłożyć ".

W Komornikach w 1688 roku są dwaj kościelni. Jeden to rolnik, drugi sołtys. W tym czasie do Komornik należał także kościół w Rozkochowie, aczkolwiek był to kościół parafialny. Msze św. odprawiano po kolei w Komornikach przez dwa razy, licząc niedziele i święta, a za trzecim razem w Rozkochowie. W czasie mszy Św. wygłaszano kazanie, po nim przeprowadzano katechizację. Jeżeli mszę św. przypadło odprawić w Rozkochowie, to wówczas duszpasterz wygłaszał kazanie najpierw w Komornikach.
Gruntowne remonty przeprowadzano w kościele także w latach 1780-1784, za czasów proboszcza Ignacego Seichtera. Zmieniono wówczas wewnętrzny i zewnętrzny wystrój kościoła wzbogacając go o ozdobną barokową elewację. Wewnątrz znajdował się chór zbudowany pomiędzy 1688 a 1730 rokiem. Był on drewniany i wspierał się na dwóch filarach. Podczas remontu w 1784 roku zbudowano nowy, większy chór, na którym znajdowały się małe, przenośne organy zwane pozytywką. Zostały one zakupione pomiędzy 1720 a 1730 rokiem. Podczas tych remontów zbudowano też nową wieżę. Stara wznosiła się po zachodniej stronie kościoła i do jego wysokości była murowana, zaś reszta zrobiona była z drewna. Ze względu na zły stan wieży, trzeba ją było rozebrać. Zrobiono to 11 i 12 V 1780 roku i natychmiast przystąpiono do budowy nowej, za zgodą patrona i urzędu biskupiego. Koszty budowy pokryli parafianie i kilku dobroczyńców. Drewno ofiarował hrabia Oppersdorf. Budową kierowali początkowo Adam Gryczka i Mikołaj Tłusty. Aby oszczędzić na czasie i pieniądzach, chcieli budować tylko trzy nowe ściany, a jako czwartą wykorzystać ścianę szczytową kościoła. Niestety, 7 IX 1780 roku, gdy budowla sięgała już wysokości kościoła, wieża się zawaliła. Przyczyną były źle założone podpórki.

Budowę kontynuowano dopiero od maja 1782 roku, kiedy założono nowe fundamenty. Do końca 1783 roku wzniesiono wieżę do wysokości dachu kościoła. Dzwony zawieszono w przeddzień uroczystości Szymona i Judy 28 X 1784 roku, a budowę dachu ukończono 5 XII tegoż roku. Prawdopodobnie w tym samym czasie rozebrano niewielką wieżyczkę z sygnaturką, która znajdowała się kiedyś na środku kościoła. Sygnaturkę zawieszono w nowo zbudowanej wieży obok dwóch większych dzwonów. Dolną część nowej wieży wykorzystano na zakrystię. Stara zakrystia przylegała do kościoła od strony północnej. Była murowana, z jednym oknem i drzwiami.

Od początku XVII w. znany jest rejestr proboszczów komornickich:

• W 1614 r. zmarł proboszcz Jakob Zdar, w 1614 r. nowym proboszczem został Paul Machurius, kolejnym był Jakob Zelazius (Żelasko),
• 1664-1684 Geirg Dubiel (Dubielus),
• 1684-1700 Joannes Novatius,
• 1700-1720 Jacob Morawa,
• 1720-1740 Anton Halenka,
• 1740-1756 Paul Kleiner,
• 1756-1767 Franz Letocha,
• 1767-1809 Ignaz Seichter,
• 1809-1818 Johann Theiner,
• 1818-1824 Ignaz Dzurek,
• 1824-1840 Simon Morawetz,
• 1840-1860 Serp,
• 1860-1887 Georg Jachnik-ostatni proboszcz starego kościoła.

Już proboszczowie z końca XVIII w. skarżyli się, że kościół jest za mały dla parafian, których liczba szczególnie w XIX w. szybko rosła. W 1842 roku parafia liczyła 1892 katolickich mieszkańców, a w 1887 roku było ich 2126.

Liczne przebudowy przeprowadzone w ciągu wieków, czasem zrobione niefachowo, naruszyły strukturę budowli kościoła. W połowie XIX w. jest ona określona jako wadliwa. Kościołowi mogło grozić zawalenie (1865r.). Czyniono więc starania o zezwolenie na rozbiórkę starego i budowę nowego kościoła. Było ją trudno uzyskać z powodu trwającego kulturkampfu (1872-1887), który prowadził kanclerz Otto von Bismarck z kościołem katolickim. Brakowało także funduszy do realizacji tego planu.
W 1887 roku umiera ks. Jerzy Jachnik, który w testamencie przeznaczył swój osobisty majątek (były to znaczne fundusze) na budowę nowego kościoła.
W roku 1887 rozebrano stary kościół i natychmiast rozpoczęto budowę nowego. 7 IX 1888 roku odbyło się poświęcenie i złożenie kamienia węgielnego.
W czasie budowy nowego kościoła wszystkie nabożeństwa odbywały się w stodole farskiej. Nowy kościół ceglany w stylu neogotyckim wybudowano w rekordowym czasie -w ciągu 2 lat. Jego zewnętrzne wymiary wynosiły 43 m długości i 20 m szerokości, wysokość wieży 41 m, zaś wysokość dachu kościoła 22 m. W niedzielę 2 lipca 1890 roku obchodzono uroczyście pierwszy odpust w nowo wybudowanym kościele, podczas którego został on poświęcony. W późniejszych latach wieżę ozdobiono trzema zegarami i umieszczono na niej 2 dzwony pochodzące ze starego kościoła.
Wnętrze kościoła jest trzynawowe z chórem i organami. Nowy kościół posiada trzy drewniane ołtarze w stylu neogotyckim. W ołtarzu głównym znajduje się obraz Nawiedzenia N.M.P. i dwie figury najbardziej czczonych w parafii świętych: św.Urbana i Św. Floriana.W lewej nawie bocznej od głównego ołtarza znajduje się ołtarz Najświętszego Serca Pana Jezusa wraz z figurami św. Franciszka z Asyżu i Św. Józefa. Natomiast w drugiej nawie bocznej (prawa od ołtarza głównego) znajduje się ołtarz Matki Bożej Bolesnej wraz z figurami św. Jana Apostoła i Św. Marii Magdaleny. Pod chórem mieści się kaplica poświęcona M.B.Częstochowskiej. Już w inwentarzu z roku 1794 jest wzmianka, że w kościele znajduje się obraz M.B.Częstochowskiej. 

umieszczono 8 obrazów malowanych na blasze, przedstawiających 7 boleści Matki Bożej i Zmartwychwstanie P.Jezusa (obecnie znajdują się na probostwie, gdyż wymagają renowacji). W kościele jest także obraz św. Rodziny i figury: ŚW. Barbary, św. Anny, św. Jana Nepomucena i Św. Jadwigi.
Kościół, ze względu na swoje położenie i wysokość, góruje nad całą okolicą lecz jest jednocześnie wystawiony na działanie silnych wiatrów. Jego wieża i stromy dach często ulegały uszkodzeniu. W roku 1928 wieżę kościoła pokryto blachą miedzianą. W czasie trwania II wojny światowej niemożliwe były nawet najbardziej konieczne remonty. Rozpoczął je ks.Jerzy Zimnik, który objął parafię w 1949 roku po schorowanym poprzedniku ks.Kosianie. Uszkodzony dach kościoła przykryto eternitem z powodu braku innych materiałów.

Już w latach 1950-1951 postarano się o 3 nowe dzwony dla kościoła: 

• pod wezwaniem św.Urbana-440 kg;
• św. Floriana -258 kg;
• św. Jerzego-136 kg.

Dzwony wykonano we Wrocławiu w warsztacie E.Kozłowskiego. Poprzednie 2 dzwony wraz z żyrandolami i lichtarzami z metali kolorowych zarekwirowano na cele wojenne. Pozostawiono jedynie zabytkową sygnaturkę o wadze 35 kg z 1615 roku, która nadal znajduje się w oknie, w przedniej szczytowej ścianie kościoła. Zainstalowano ogrzewanie, wymieniono wszystkie szyby w oknach kościoła na bezbarwne szkło witrażowe, a w prezbiterium umieszczono 2 nowe kolorowe witraże przedstawiające Dobrego Pasterza i Wniebowzięcie Matki Bożej. Kościół na nowo wymalowano. Stacje drogi krzyżowej poważnie zniszczone za-stąpiono gipsowymi płaskorzeźbami.
Po śmierci ks. Jerzego Zimnika w 1976 roku proboszczem parafii komornickiej został ks.Walenty Wyględa. W latach następnych przystąpiono do całkowitego odnowienia kościoła z myślą o zbliżającym się jubileuszu 100-lecia jego istnienia. Cały dach pokryto blachą miedzianą wymieniono starą instalację elektryczną do zakrystii doprowadzono wodę oraz zainstalowano nowy piec do ogrzewania kościoła. Przeprowadzono generalny remont schodów i posadzki do głównego wejścia, wykonano nowe wejście na prezbiterium, schody z granitu oraz marmurowe podstawy do bocznych ołtarzy. Naprawiono mocno uszkodzony tynk wewnątrz kościoła.

Prezbiterium dostosowano do odnowionej liturgii, umieszczono w nim ołtarz (marmur i miedź) twarzą do ludzi, sedilia dla celebransa i ministrantów oraz ambonę. Odnowiono chrzcielnicę z piaskowca, która była pokryta farbą olejną i nadano jej pierwotny wygląd. Otrzymała ona nową artystycznie wykonaną pokrywę miedzianą z figurą Św. Jana Chrzciciela. Odnowiono i urządzono na nowo kaplicę M.B. Częstochowskiej. Dokonano konserwacji i złocenia obrazu, który umieszczono w artystycznie wykonanej ramie. Kaplica otrzymała nowy ołtarz z marmuru, żyrandol i świecznik wotywny oraz kraty przy wejściu. Dokonano konserwacji i odnowienia 14 płócien drogi krzyżowej ze starego kościoła, odnalezionych w szopie na probostwie i wykonano oryginalne ramy do tych płócien. Wymieniono całkowicie oświetlenie kościoła. Na miejscu zwyczajnych lamp zawieszono artystycznie kute żyrandole z żelaza. Odnowiono wszystkie ołtarze i figury a także odmalowano ławki i cały kościół.
Wszystkie rzeźby i elementy dekoracyjne począwszy od ołtarza soborowego, ambony, sediliów, chrzcielnicy, kaplicy M.B.Częstochowskiej, żyrandoli, świeczników... a skończywszy na ramach stacji drogi krzyżowej, zostały zaprojektowane i wykonane przez znanego, opolskiego artystę rzeźbiarza, ucznia Ksawerego Dunikowskiego, Mariana Nowaka. O jego pracach w kościele komornickim pisze Teresa Zielińska :

Chrzcielnica Das Taufbecken
"Wyjątkową finezją wyrażają się wszystkie rzeźby i akcenty w kościele w Komornikach k.Krapkowic : droga krzyżowa, kraty ozdobne, ambona, świeczniki, koronkowe zdobienia wejścia do kaplicy, ołtarz, postać Jana Chrzciciela, efektowna ażurowa rama do obrazu i secesyjne niemal żyrandole " (w: "Marian Nowak-rzeźba ", Opole 1989r.)

Przeprowadzono generalny remont zegarów wieżowych: mechanizmu zegarowego, do którego dorobiono elektryczne urządzenie napędowe.
4 VI 1989 roku podczas sumy odpustowej ks. biskup dr Gerard Kusz dokonał konsekracji ołtarza soborowego, co rozpoczęło uroczyste obchody 100-lecia kościoła w Komornikach.
Od chwili powstania obecnego kościoła w parafii pracowali następujący proboszczowie: 1887-1902 ks.Edward Zaruba

budowniczy i pierwszy proboszcz obecnego kościoła,

• 1902-1908 ks. Ryszard Rasek,
• 1908-1921 ks. Józef Matulla,
• 1921-1931 ks. Ernest Blasky,
• 1931-1934 ks. Józef Kaduk,
• 1934-1949 ks. Konrad Kosian,
• 1949-1976 ks. Jerzy Zimnik,
• 1976-2008 ks. Walenty Wyględa

oraz następujący wikarzy:

• 1956-1961 ks. Jerzy Obst,
• 1961-1963 ks. Augustyn Potempa,
• 1963-1965 ks. Andrzej Strycharczyk,
• 1973-1974 ks. Marcin Tomczyk,
• 1974-1976 ks. Konrad Kosytorz.